《UNITIA 神托的使徒×终焉的女神》讲述有两个完全不同的世界融合了，有一天这个融合的世界突然发生对立，并且有特殊能力得到及使用，令到随时发动战争。不过，突然出现了不明正体的敌人，令到两边都暂时休战，而他们就这样向和平的道路前进。随着时间，在和平时代的主角将会和两位少女一起解开世界之谜。