《少女交响诗》游戏故事讲述的是由音乐的女神「缪斯」创造的美丽的世界「哈尔摩尼亚」。这个世界的「音乐」之力给予了人民生活安康。但是出现想独占这种力量的势力，世界从此发生了改变。把「音乐」的力量用於作恶的科学贵族阶级「文明工会」，虐杀着热爱音乐的人们。并干涉*，世界陷入了恐慌。