《空战乙女》讲述的是在某个平行世界的1980年，太平洋海域突然出现了对人类抱有敌意的谜之战斗兵器群“漆黑之暗”，人类陷入了水深火热之中。这时，唯一能与其对抗的力量空战乙女出现了，作为司令官的玩家除了要指挥她们战斗外，还要做好“上”机准备给予她们“爱”。